流式細胞儀的光學系統由若干組光學透鏡、小孔、濾光片組成，大致可分為流動室前和流動室后兩組。流動室前的光學系統由透鏡和小孔組成，透鏡和小孔（一般為2片透鏡、1個小孔）的主要作用是將激光光源發出的橫截面為圓形的激光光束聚焦成橫截面較小的橢圓形激光光束，使激光能量成正態分布，使通過激光檢測區的細胞受照強度一致，大限度的減少雜散光的干擾；流動室后的光學系統主要由多組濾光片組成，濾光片的主要作用是將不同波長的熒光信號送到不同的光電倍增管。
高透過深截止系列濾光片五組系列代表：
1、Ex470/30-Em515/30 濾光片系列，
適用試劑FAM
2、Ex530/20-Em560/20 濾光片系列，
適用試劑HEX
3、Ex580/30-Em620/30 濾光片系列，
適用試劑ROX
4、Ex630/20-Em660/20 濾光片系列，
適用試劑CY5
5、Ex690/20-Em730/20 濾光片系列，
適用試劑CY5.5
流式細胞儀通道濾光片適用：
通道 | 熒光物質 | 激發波長（nm) | 發射波長（nm) |
綠色 | FAM | 494 | 518 |
FITC(Fluorescein) | 489 | 517 | |
Alexa Fluor 488 | 496 | 519 | |
黃色 | JOE | 520 | 548 |
VIC | 538 | 554 | |
HEX | 535 | 556 | |
TET | 521 | 536 | |
CAL Flour Orange 560 | 538 | 559 | |
橙/紅 | ROX | 575 | 602 |
Cy 3.5 | 578 | 591 | |
Alexa Flour 568 | 578 | 603 | |
深紅 | Cy5 | 649 | 666 |
Quasar 670 | 647 | 670 | |
Alexa Flour 633 | 632 | 764 |
流式細胞儀濾光片在儀器中的功能和應用：
細胞周期的分析
干細胞研究
癥病人的多藥耐藥性
細胞動力學功能研究
環境微生物分析
流式細胞術與分子生物學研究
流式細胞術在兔疫檢驗中的應用
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